Борис Сойфер родился в Бердичеве в 1906 году. В 1928 году закончил вечерний рабфак в городе Бершадь, затем обучался на первом курсе химинститута в Томске.
В 1933 году закончил Центральную школу НКВД в Москве. Начинал свою службу в НКВД с должности уполномоченного томского оперсектора ОГПУ.